Le Conseil d'Administration a des rôles propres:

• il représente la MSA auprès des partenaires sociaux et agricoles et auprès des représentants locaux de l'Etat
• il nomme les agents de direction
• il vote le budget de fonctionnement
• il décide des opérations immobilières et des marchés
• il décide de l'utilisation des fonds disponibles (placements, prêts, emprunts)
• il s'assure de la bonne marche de la MSA
• il signe toutes les conventions utiles ou nécessaires
• il définit la politique d'action sanitaire et sociale.

Des comités, émanation du Conseil d'Administration ont des rôles importants.

Le comité de protection sociale, l'un pour les salariés et l'autre pour les non salariés.

Ils sont consultés sur toutes les questions concernants la protection sociale.

Ils déterminent la politique en matière de prévention.

Ils donnent un avis sur les dépenses de prévention des accidents du travail, de médecine du travail (pour les salariés).

Ils examinent les démarches de remise de majoration de retard des cotisations sociales payées tardivement par les exploitants et les employeurs.

La commission des rentes, l'une pour les salariés et l'autre pour les non salariés, statue sur le taux de rente des accidents du travail graves dont sont victimes les salariés ou les chefs d'exploitation.

La commission de recours amiable a un rôle important, car c'est auprès d'elle que les décisions de la MSA peuvent être contestées. En matière de cotisations, elle examine les contestations concernant l'assujettissement, le calcul des cotisations et se prononce sur les délais de paiement ou l'octroi d'échéanciers.

En matière de prestations, elle examine les contestations concernant l'ouverture des droits, le calcul des prestations, se prononce sur les demandes de remise d'indus.

Le comité d'action sanitaire et sociale propose au Conseil d'Administration des éléments pour sa politique d'action sanitaire et sociale.

Il propose des aides qui complètent les prestations en faveur des familles (participation au financement de modes de garde, enfants en poursuite d'études, colonies...), des personnes agées (aide au maintien à domicile, habitat, vacances...) , personnes en situation sociale, familiale et économique difficile (accompagnement des personnes en précarité, insertion sociale et professionnelle des personnes handicapées).

Ce comité se réunit en comité réduit, pour examiner les demandes individuelles d'aides financières (difficultés financières passagères ou durables, aide pour des dépenses importantes non prises en charge par une mutuelle, aides à l'amélioration de l'habitat).